O LFN presta serviços à comunidade através de suas três Clínicas: Clínica Fitopatológica Hiroshi Kimati, Clínica de Patologia de Sementes, Solos e Mudas e Clínica Nematológica. Nelas, agricultores são orientados sobretudo na identificação de doenças vegetais e no emprego de técnicas corretas para seu controle. Também prestam serviços conveniados com empresas privadas, cooperativas e órgãos públicos.
Em adição às clínicas, docentes do LFN supervisionam o Laboratório Multiusuário de Microscopia Eletrônica que, além de desenvolver atividades de ensino e pesquisa, também desenvolve projetos em parceria com empresas privadas e oferece cursos de especialização em técnicas ultramicroscópicas.
