O Departamento de Fitopatologia e Nematologia (LFN) resultou do desmembramento do antigo Departamento de Entomologia, Fitopatologia e Zoologia Agrícola (LEF) ocorrido em 2009, ficando constituído pelas áreas de Fitopatologia e Nematologia. O LFN dedica-se ao ensino de graduação e pós-graduação, à pesquisa e extensão nas seguintes especialidades:
- Bactérias e Fitoplasmas Fitopatogênicos
- Defensivos Agrícolas e Fungicidas
- Doenças de Pós-colheita
- Clínica Fitopatológica e Diagnose de Doenças de Plantas
- Epidemiologia e Controle de Doenças de Plantas
- Fisiologia e Bioquímica Fitopatológica
- Genética e Genômica das Interações Planta-patógeno
- Micologia
- Microscopia Eletrônica
- Patologia Florestal
- Patologia de Sementes
- Virologia Vegetal
O treinamento nestas especialidades é importante para a formação de engenheiros agrônomos, engenheiros florestais e biólogos, especialmente para aqueles que almejam atuar na área de Fitossanidade.