O Setor de Fitopatologia ocupa parte do prédio que abriga também as áreas de Horticultura e Botânica dos Departamentos de Produção Vegetal e Ciências Biológicas, respectivamente, onde se encontram os seus laboratórios de aulas práticas e de pesquisa em suas diversas especialidades. Possui também área experimental de aproximadamente 7.000 m² , contendo um complexo de casas de vegetação e laboratórios, onde são conduzidos trabalhos de pesquisa. Abriga ainda a Clínica Fitopatológica Prof. Hiroshi Kimati e o Laboratório de Patologia de Sementes, que atendem a comunidade na diagnose de doenças de plantas e sanidade de sementes, respectivamente.
O Setor de Nematologia, por sua vez, ocupa a maior parte do Pavilhão Salvador de Toledo Piza Jr., mais conhecido como Prédio da Zoologia, incluindo três laboratórios de pesquisas, sala asséptica, sala de processamento de amostras, dois ambientes para pós-graduandos e estagiários de iniciação científica, biblioteca setorial especializada, salas de docentes e a Clínica Fitonematológica, esta última com mais de 40 anos de existência e prestação de serviços à comunidade. Anexo ao prédio, há, ainda, duas casas de vegetação (uma de vidro) e telados para a condução de experimentos.
