O Departamento de Fitopatologia e Nematologia ocupa o Pavilhão Salvador de Toledo Piza Jr. e está localizado no entroncamento da alameda dos alecrins com a alameda do jacarandá mimoso (22º42'15.4''S 47º37'592''W). No edifício, estão localizados laboratórios de pesquisa, salas de aulas, clínicas de diagnose de doenças de planatas, câmaras frias, salas de docentes, salas de alunos, salas de administração, salas de equipamentos multiusuários, dentre outros.
Possui também uma área experimental de aproximadamente 7.000 m² , contendo um complexo de casas de vegetação e laboratórios, onde são conduzidos trabalhos de pesquisa. Abriga ainda a Clínica Fitopatológica Prof. Hiroshi Kimati e o Laboratório de Patologia de Sementes, que atendem a comunidade na diagnose de doenças de plantas e sanidade de sementes, respectivamente.
