Em sua missão, o Departamento de Fitopatologia e Nematologia objetiva a formação de profissionais altamente capacitados para enfrentar os desafios no contexto dos diferentes cursos oferecidos pela unidade (Engenharia Agronômica, Engenharia Florestal, Ciências Biológicas, Gestão Ambiental e Ciência dos Alimentos).
 
Nesse sentido, se preocupa em proporcionar ensino de excelência, para que o aluno, tanto de graduação como de pós-graduação, atinja o máximo de sua capacidade intelectual em relação aos conhecimentos fundamentais e atuais em sua futura área de atuação, além de viabilizar contatos com os vários setores do mercado de trabalho privado e público, principalmente o fitossanitário, o qual se constitui em área forte do departamento.
 
Para isso também se vale da pesquisa científica, com foco principal no entendimento e controle de doenças de importância econômica em plantas, além das atividades de extensão através de duas clínicas ligadas a fitopatologia.